98年度起衛生署取消「內科住院醫師以高於480名容額公告，由學會控制總容額至480名」之規定，造成中小型訓練醫院招收第一年住院醫師容額不足、申請微調不易的困境，進而影響內科專科醫師之實招人數，形同住院醫師容額的浪費。

爰此，本會醫院評鑑委員會於99年3月16日召開委員會議，決議在衛生署實施住院醫師選配制度前，同意由學會統籌管控住院醫師容額，進行微調機制。

新辦法如下：

1. 各訓練醫院應於每年8月底前回報本會當年度已招收之第一年住院醫師名單(須附簽約書或執業執照影本)，由秘書處彙整後公告於本會網站。(請於招收住院醫師時明確告知，到職後於「微調期間內」不得異動)
   
2. 訓練醫院應於9月底前提出擬申請微調之第一年住院醫師名單，以2名為限，但名單不可與學會網站上公佈之名單相同，以免重複提報。
   
3. 委員會授權專責小組統籌分配、運用當年度未回報及未招收之第一年住院醫師容額，經小組委員審查確認申請之住院醫師未列在已公告住院醫師名單，且不為過去年度已招住院醫師時；如有剩餘住院醫師容額可供微調時，將統籌分配依上開原則公平微調。
   
4. 同意微調之申請醫院，應在限期內補提簽約書，以利秘書處於10月底前呈報衛生署申請微調。